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</ol>

<table><tbody><tr><td>Réactifs</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>10 mM dNTP Mix</td><td>NEB</td><td>N0447S</td><td>Réactions PCR (Tableaux 1, 3)</td></tr><tr><td>10X PBS, pH 7,4</td><td>Fisher</td><td>BP3994</td><td>Tampon de coloration de base (Étapes 3.2&ndash;3.3)</td></tr><tr><td>5X Q5 Reaction Buffer</td><td>NEB</td><td>B9027S</td><td>Vendu séparément; également inclus avec la polymérase Q5</td></tr><tr><td>Agar, Bacto</td><td>BD Difco</td><td>281230-500g</td><td>Plaque d'agar SDCAA (Tableau 5); 15 g/L</td></tr><tr><td>Agarose (Low-EEO/Multi-Purpose/Grade de Biologie Moléculaire)</td><td>Fisher BioReagents</td><td>BP160-500</td><td>Électrophorèse sur gel</td></tr><tr><td>Anti-FLAG PE Antibody</td><td>BioLegend</td><td>637309</td><td>Coloration FACS; anti-FLAG conjugué à PE</td></tr><tr><td>Anti-HA Tag Antibody [FITC]</td><td>GenScript</td><td>A01621</td><td>Coloration FACS; anti-HA conjugué à FITC</td></tr><tr><td>Bacto Casamino Acids</td><td>BD Difco</td><td>223120</td><td>Médias SDCAA+, SGCAA+, SCAA (Tableau 5); 5 g/L</td></tr><tr><td>Bacto Peptone / Tryptone</td><td>RPI</td><td>T60060-10000.0</td><td>Préparation des médias LB/SOB; 20 g/L dans YPD (Tableau 5)</td></tr><tr><td>BSA, Bovine Serum Albumin, Fraction V</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>126575-10GM</td><td>0,5% dans PBS; tampon de coloration (Étapes 3.2&ndash;3.3)</td></tr><tr><td>BsmBI-v2 (200 U)</td><td>NEB</td><td>R0739S</td><td>Assemblage Golden Gate du cassette de substrat (Tableau 8)</td></tr><tr><td>Calcium chloride solution (1M)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>21115-100mL</td><td>Tampon d'électroporation: 1 mM final (Tableau 5)</td></tr><tr><td>ColiRollers&reg; Plating Beads</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>71013-3</td><td>Stériliser en les mettant dans des flacons de réactifs et en les autoclavant à 121&ordm;C, 15 psi, pendant 15 minutes.</td></tr><tr><td>D-Galactose</td><td>Thermo Fisher</td><td>A12813.30</td><td>250 g; stock à 20% p/v pour l'induction SGCAA+ (Tableau 5)</td></tr><tr><td>D-Sorbitol</td><td>Thermo Fisher</td><td>1327300.10</td><td>Tampon d'électroporation (1 M) et médias de croissance (Tableau 5)</td></tr><tr><td>Dextrose (D-Glucose), anhydre</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G8270-1KG</td><td>YPD, SDCAA+, stock à 20% p/v en dextrose (Tableau 5)</td></tr><tr><td>Difco Yeast Nitrogen Base w/o Amino Acids</td><td>Sigma</td><td>Y0626-250G</td><td>6,7 g/L dans SDCAA/SGCAA (Tableau 5)</td></tr><tr><td>Difco YPD Broth (pré-mélangé)</td><td>BD</td><td>242820-500g</td><td>Alternative YPD pré-faite; 500 g</td></tr><tr><td>DL-Dithiothreitol (DTT)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D0632-1G</td><td>Tampon de conditionnement: 10 mM final; aliquot 250 µL, conserver à -20&deg;C</td></tr><tr><td>E.Z.N.A. CyclePure PCR Purification Kit</td><td>Omega Bio-tek</td><td>D6492-02</td><td>Nettoyage des produits PCR</td></tr><tr><td>E.Z.N.A. Gel Extraction Kit</td><td>Omega Bio-tek</td><td>D2500-01</td><td>Purification sur gel après PCR et digestion par restriction (Étapes 1.1.8, 1.3.2)</td></tr><tr><td>E.Z.N.A. Plasmid DNA Mini Kit I</td><td>Omega Bio-tek</td><td>D6942-02</td><td>Purification de plasmides (Étape 4.2)</td></tr><tr><td>Glycerol (&ge;99%)</td><td>Fisher</td><td>BP229-4</td><td>Stock à 50% v/v pour les stocks en glycerol (Étape 4.1.1)</td></tr><tr><td>Kanamycin Sulfate&nbsp;</td><td>Fisher</td><td>BP906-5</td><td>SDCAA+ et SGCAA+: 50 µg/mL final; remplace Sigma K0879-5G</td></tr><tr><td>KLD Enzyme Mix</td><td>NEB</td><td>M0554S</td><td>Kinase-Ligase-DpnI; mutagenèse dirigée</td></tr><tr><td>KLD Reaction Buffer</td><td>NEB</td><td>B0554A</td><td>Utilisé avec le KLD Enzyme Mix</td></tr><tr><td>LB Broth (Lennox)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L3022-1KG</td><td>Culture liquide d'E. coli</td></tr><tr><td>Lithium Acetate Dihydrate (LiOAc&middot;2H2O)</td><td>Thermo Fisher</td><td>A17921.30</td><td>Tampon de conditionnement: 0,1 M final; ajouter avant le DTT (Tableau 5)</td></tr><tr><td>Luria Agar (Luria-Bertani Agar)</td><td>RPI</td><td>L24020-2000.0</td><td>Plaque d'E. coli; remplace Sigma LB Agar Lennox L2897-1KG</td></tr><tr><td>OmniPur Casamino Acids</td><td>Sigma</td><td>2240-500GM</td><td>Source alternative d'acides aminés casamino</td></tr><tr><td>pDD1523</td><td>Zenodo</td><td>10.5281/zenodo. 20746804</td><td>pCTCon2-TRP-CEN/ARS-Gal10-SPAga2-BsaI; Gal1-Aga2-sfGFP</td></tr><tr><td>pDD1524</td><td>Zenodo</td><td>10.5281/zenodo. 20746804</td><td>pCTCon2-Aga2-6xHis-ENLYFQS-FLAG-ENLYFES-HA-ERS</td></tr><tr><td>Penicillin-Streptomycin Solution, 100X</td><td>Corning</td><td>30-002-CI</td><td>SDCAA+, SGCAA+: 1X final</td></tr><tr><td>PstI-HF (5000 U)</td><td>NEB</td><td>R3140S</td><td>Linéarisation des vecteurs (Tableau 10); utiliser la version HF</td></tr><tr><td>Q5 HF DNA Polymerase</td><td>NEB</td><td>M0492S</td><td>Polymérase de haute fidélité; alternative à Q5 Hot Start</td></tr><tr><td>Q5 High GC Enhancer</td><td>NEB</td><td>B9028A</td><td>Pour les réactions PCR à haut contenu en GC</td></tr><tr><td>Q5 Hot Start DNA Polymerase</td><td>NEB</td><td>M0491L</td><td>Assemblage et amplification PCR (Tableaux 1, 3)</td></tr><tr><td>rCutSmart Buffer (10X)</td><td>NEB</td><td>B6004S</td><td>Fourni avec PstI-HF et SphI-HF (Tableau 10)</td></tr><tr><td>SalI-HF</td><td>NEB</td><td>R3138L</td><td>Enzyme de restriction additionnel</td></tr><tr><td>SOC Medium</td><td>NEB</td><td>B9020S</td><td>Récupération post-transformation</td></tr><tr><td>Sodium Chloride (NaCl)</td><td>Fisher</td><td>S271-1</td><td>Préparation des médias LB / SOB</td></tr><tr><td>So

flux de travail optimisé d’affichage de surface de levure pour l’évolution dirigée des protéases

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