Simulação baseada em estrutura e amostragem de movimentos de proteína do fator de transcrição ao longo do DNA de pisando em escala atômica para difusão grosseira

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1 de março de 2022

10.3791/63406-v

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Chao E^*¹ , Liqiang Dai^*¹^,² , Jiaqi Tian³^,⁴ , Lin-Tai Da⁴ , Jin Yu⁵^,⁶^,⁷

¹Beijing Computational Science Research Center, ²Shenzhen JL Computational Science and Applied Research Institute, ³School of Medical Informatics and Engineering, Xuzhou Medical University, ⁴Key Laboratory of Systems Biomedicine (Ministry of Education), Shanghai Center for Systems Biomedicine, Shanghai Jiao Tong University, ⁵Department of Physics and Astronomy, University of California, Irvine, ⁶Department of Chemistry, University of California, Irvine, ⁷NSF-Simons Center for Multiscale Cell Fate Research, University of California, Irvine

^* These authors contributed equally

O objetivo deste protocolo é revelar a dinâmica estrutural da difusão unidimensional de proteína ao longo do DNA, usando um fator de transcrição vegetal proteína de domínio WRKY como um sistema exemplar. Para isso, foram implementadas simulações de dinâmica molecular atomística e grosseira, juntamente com extensas amostras computacionais.