ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

<ol>
	<li>Adams MJ, Antoniw JF, Beaudoin F. Overview and analysis of the polyprotein cleavage sites in the family Potyviridae. Mol Plant Pathol. 2005;6:471&#8211;487.</li>
	<li>Lim Suan MB et al. Identification and engineering of highly functional potyviral proteases in cells using co-evolutionary models. Nat Commun. 2026;17:3257. doi: 10.1038/s41467-026-69961-5.</li>
	<li>Kapust RB, Waugh DS. Controlled intracellular processing of fusion proteins by TEV protease. Protein Expr Purif. 2000;19:312&#8211;318.</li>
	<li>Nallamsetty S et al. Efficient site-specific processing of fusion proteins by tobacco vein mottling virus protease in vivo and in vitro. Protein Expr Purif. 2004;38:108&#8211;115.</li>
	<li>Chen Z, Elowitz MB. Programmable protein circuit design. Cell. 2021;184:2284&#8211;2301.</li>
	<li>Sanchez MI, Ting AY. Directed evolution improves the catalytic efficiency of TEV protease. Nat Methods. 2020;17:167&#8211;174.</li>
	<li>Denard CA et al. YESS 2.0, a tunable platform for enzyme evolution, yields highly active TEV protease variants. ACS Synth Biol. 2021;10:63&#8211;71.</li>
	<li>Gietz RD, Schiestl RH. High-efficiency yeast transformation using the LiAc/SS carrier DNA/PEG method. Nat Protoc. 2007;2:31&#8211;34.</li>
	<li>Benatuil L, Perez JM, Belk J, Hsieh CM. An improved yeast transformation method for the generation of very large human antibody libraries. Protein Eng Des Sel. 2010;23:155&#8211;159.</li>
	<li>Boder ET, Wittrup KD. Yeast surface display for screening combinatorial polypeptide libraries. Nat Biotechnol. 1997;15:553&#8211;557.</li>
	<li>Lau WL et al. Using yeast surface display to engineer a soluble and crystallizable construct of hematopoietic progenitor kinase 1 (HPK1). Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Commun. 2021;77:22&#8211;28.</li>
	<li>Kieke MC et al. Selection of functional T cell receptor mutants from a yeast surface-display library. Proc Natl Acad Sci U S A. 1999;96:5651&#8211;5656.</li>
	<li>Ma H, Kunes S, Schatz PJ, Botstein D. Plasmid construction by homologous recombination in yeast. Gene. 1987;58:201&#8211;216.</li>
	<li>Varadarajan N, Cantor JR, Georgiou G, Iverson BL. Construction and flow cytometric screening of targeted enzyme libraries. Nat Protoc. 2009;4:893&#8211;901.</li>
	<li>Haas CM, Francino-Urdaniz IM, Steiner PJ, Whitehead TA. Identification of SARS-CoV-2 S RBD escape mutants using yeast screening and deep mutational scanning. STAR Protoc. 2021;2:100869. doi: 10.1016/j.xpro.2021.100869.</li>
	<li>Ito H, Fukuda Y, Murata K, Kimura A. Transformation of intact yeast cells treated with alkali cations. J Bacteriol. 1983;153:163&#8211;168.</li>
	<li>Bloom JD, Arnold FH. In the light of directed evolution: pathways of adaptive protein evolution. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009;106:9995&#8211;10000.</li>
	<li>Yi L et al. Engineering of TEV protease variants by yeast ER sequestration screening (YESS) of combinatorial libraries. Proc Natl Acad Sci U S A. 2013;110:7229&#8211;7234.</li>
	<li>Martinusen SG et al. Modular and integrative activity reporters enhance biochemical studies in the yeast ER. Protein Eng Des Sel. 2024;37. doi: 10.1093/protein/gzae008.</li>
	<li>Li Q et al. Profiling protease specificity: combining yeast ER sequestration screening (YESS) with next generation sequencing. ACS Chem Biol. 2017;12:510&#8211;518.</li>
	<li>Packer MS, Rees HA, Liu DR. Phage-assisted continuous evolution of proteases with altered substrate specificity. Nat Commun. 2017;8:956. doi: 10.1038/s41467-017-01055-9.</li>
	<li>Yaghi RM, Andrews CL, Wylie DC, Iverson BL. High-resolution substrate specificity profiling of SARS-CoV-2 Mpro; comparison to SARS-CoV Mpro. ACS Chem Biol. 2024;19:1474&#8211;1483.</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Reaktanlar</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>10 mM dNTP Karışımı</td><td>NEB</td><td>N0447S</td><td>PCR reaksiyonları (Tablo 1, 3)</td></tr><tr><td>10X PBS, pH 7.4</td><td>Fisher</td><td>BP3994</td><td>Boyama tamponu tabanı (Adımlar 3.2&ndash;3.3)</td></tr><tr><td>5X Q5 Reaksiyon Tamponu</td><td>NEB</td><td>B9027S</td><td>Ayrı ayrı satılır; ayrıca Q5 polimerazla birlikte bulunur</td></tr><tr><td>Agar, Bacto</td><td>BD Difco</td><td>281230-500g</td><td>SDCAA agar plakaları (Tablo 5); 15 g/L</td></tr><tr><td>Agaroz (Düşük-EEO/Çok Amaçlı/Moleküler Biyoloji Sınıfı)</td><td>Fisher BioReagents</td><td>BP160-500</td><td>Jel Elektroforezi</td></tr><tr><td>Anti-FLAG PE Antikoru</td><td>BioLegend</td><td>637309</td><td>FACS boyama; PE konjuge anti-FLAG</td></tr><tr><td>Anti-HA Tag Antikoru [FITC]</td><td>GenScript</td><td>A01621</td><td>FACS boyama; FITC konjuge anti-HA</td></tr><tr><td>Bacto Casamino Asitleri</td><td>BD Difco</td><td>223120</td><td>SDCAA+, SGCAA+, SCAA ortamı (Tablo 5); 5 g/L</td></tr><tr><td>Bacto Pepton / Tripton</td><td>RPI</td><td>T60060-10000.0</td><td>LB/SOB ortamı hazırlanması; YPD'de 20 g/L (Tablo 5)</td></tr><tr><td>BSA, Bovin Serum Albumini, Fraksiyon V</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>126575-10GM</td><td>PBS'de %0.5; boyama tamponu (Adımlar 3.2&ndash;3.3)</td></tr><tr><td>BsmBI-v2 (200 U)</td><td>NEB</td><td>R0739S</td><td>Alt kasetin Golden Gate montajı (Tablo 8)</td></tr><tr><td>Kalsiyum klorür çözeltisi (1M)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>21115-100mL</td><td>Elektroporasyon tamponu: 1 mM son (Tablo 5)</td></tr><tr><td>ColiRollers&reg; Plakalama Boncukları</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>71013-3</td><td>Reaktif şişelere yerleştirerek ve 121&ordm;C, 15 psi'de 15 dakika boyunca otoklav ile sterilize edin.</td></tr><tr><td>D-Galaktoz</td><td>Thermo Fisher</td><td>A12813.30</td><td>250 g; SGCAA+ indüksiyon için %20 w/v stoğu (Tablo 5)</td></tr><tr><td>D-Sorbitol</td><td>Thermo Fisher</td><td>1327300.10</td><td>Elektroporasyon tamponu (1 M) ve büyüme ortamı (Tablo 5)</td></tr><tr><td>Dekstroz (D-Glukoz), anhidrat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G8270-1KG</td><td>YPD, SDCAA+, %20 w/v dekstroz stoğu (Tablo 5)</td></tr><tr><td>Difco Maya Azot Tabanı w/o Amino Asitler</td><td>Sigma</td><td>Y0626-250G</td><td>SDCAA/SGCAA'da 6.7 g/L (Tablo 5)</td></tr><tr><td>Difco YPD Besiyeri (ön karıştırılmış)</td><td>BD</td><td>242820-500g</td><td>Ön yapılmış YPD alternatifi; 500 g</td></tr><tr><td>DL-Ditiyotitrol (DTT)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D0632-1G</td><td>Koşullandırma tamponu: 10 mM son; 250 &mu;L alın, &minus;20&deg;C'de saklayın</td></tr><tr><td>E.Z.N.A. CyclePure PCR Saflaştırma Kiti</td><td>Omega Bio-tek</td><td>D6492-02</td><td>PCR ürünü temizliği</td></tr><tr><td>E.Z.N.A. Jel Çıkarma Kiti</td><td>Omega Bio-tek</td><td>D2500-01</td><td>PCR ve kısıtlama sindiriminden sonra jel saflaştırması (Adımlar 1.1.8, 1.3.2)</td></tr><tr><td>E.Z.N.A. Plazmid DNA Mini Kit I</td><td>Omega Bio-tek</td><td>D6942-02</td><td>Plazmid saflaştırması (Adım 4.2)</td></tr><tr><td>Gliserol (&ge;99%)</td><td>Fisher</td><td>BP229-4</td><td>Gliserol stokları için %50 v/v stoğu (Adım 4.1.1)</td></tr><tr><td>Kanamycin Sülfat&nbsp;</td><td>Fisher</td><td>BP906-5</td><td>SDCAA+ ve SGCAA+: 50 &mu;g/mL son; Sigma K0879-5G'nin yerini alır</td></tr><tr><td>KLD Enzim Karışımı</td><td>NEB</td><td>M0554S</td><td>Kinaz-Ligaz-DpnI; yönlendirilmiş mutagenez</td></tr><tr><td>KLD Reaksiyon Tamponu</td><td>NEB</td><td>B0554A</td><td>KLD Enzim Karışımı ile kullanılır</td></tr><tr><td>LB Besiyeri (Lennox)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L3022-1KG</td><td>E. coli sıvı kültürü</td></tr><tr><td>Lityum Asetat Dihidrat (LiOAc&middot;2H2O)</td><td>Thermo Fisher</td><td>A17921.30</td><td>Koşullandırma tamponu: 0.1 M son; DTT'den önce ekleyin (Tablo 5)</td></tr><tr><td>Luria Agar (Luria-Bertani Agar)</td><td>RPI</td><td>L24020-2000.0</td><td>E. coli plakası; Sigma LB Agar Lennox L2897-1KG'nin yerini alır</td></tr><tr><td>OmniPur Kasamino Asitleri</td><td>Sigma</td><td>2240-500GM</td><td>Alternatif kasamino asit kaynağı</td></tr><tr><td>pDD1523</td><td>Zenodo</td><td>10.5281/zenodo. 20746804</td><td>pCTCon2-TRP-CEN/ARS-Gal10-SPAga2-BsaI; Gal1-Aga2-sfGFP</td></tr><tr><td>pDD1524</td><td>Zenodo</td><td>10.5281/zenodo. 20746804</td><td>pCTCon2-Aga2-6xHis-ENLYFQS-FLAG-ENLYFES-HA-ERS</td></tr><tr><td>Penisilin-Streptomisin Çözeltisi, 100X</td><td>Corning</td><td>30-002-CI</td><td>SDCAA+, SGCAA+: 1X son</td></tr><tr><td>PstI-HF (5000 U)</td><td>NEB</td><td>R3140S</td><td>Vektör lineerleştirmesi (Tablo 10); HF versiyonunu kullanın</td></tr><tr><td>Q5 HF DNA Polimeraz</td><td>NEB</td><td>M0492S</td><td>Yüksek sadakatli polimeraz; Q5 Hot Start'a alternatif</td></tr><tr><td>Q5 High GC Arttırıcı</td><td>NEB</td><td>B9028A</td><td>Yüksek GC içeriği PCR reaksiyonları için

proteazların yönlendirilmiş evrimi için optimize edilmiş maya yüzeyi ekran İş akışı

Optimized Yeast Surface Display Workflow for Directed Evolution of Proteases

Proteazların Yönlendirilmiş Evrimi için Optimize Edilmiş Maya Yüzeyi Ekran İş Akışı

Directed evolution mimics the natural evolutionary process in a fast, controlled laboratory environment to evolve proteins with desirable functions or ...

optimized-yeast-surface-display-workflow-for-directed-evolution

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Saccharomyces cerevisiae'de yönlendirilmiş evrim kampanyaları için mutant kütüphaneler oluşturmak ve taramak için ayrıntılı bir protokol sunuyoruz.

Evrim Yöntemi yönettiği<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em&gt;: Mutant Kütüphane Oluşturma ve Tarama

Toplu işleme Maya 2-hibrid ekranlarının birden fazla yem protein etkileşim profilleri av füzyon protein son derece karmaşık bir dizi doğrudan karşılaştırma sağlar. Burada, rafine yöntemleri, yeni reaktifler ve bunların kullanımı böyle ekranlar için nasıl açıklar.

Bir Maya 2-melez ekran Protein etkileşimleri karşılaştırmak için bir toplu iş

Bu protokol, ilgilenilen bir antijene bağlanan protein varyantlarını zenginleştirmek için maya yüzeyi teşhir seçimi kampanyalarının yürütülmesi için temel adımları açıklar.

Maya Yüzey Ekranı ile Protein Mühendisliği

Burada, enzimatik modifikasyon deneyleri için maya yüzeyinde görüntülenen substratların kullanılması için bir protokol sunuyoruz. Platform, temsili bir enzimatik modifikasyon deneyi olarak tirozin fosfataz SHP-2'nin substratlarından birine karşı defosforilasyon aktivitesinin analizi kullanılarak gösterildi.

Maya Yüzeyinde Görüntülenen Proteinlerin Enzimatik Modifikasyonu ve Akış Sitometrisi Değerlendirmesi

Çok yönlü bir plazma litografi tekniği hücresel eklenti rehberlik için sabit bir yüzey desenleri oluşturmak için geliştirilmiştir. Bu teknik, doğal dokuları taklit eden ve birçok farklı hücre tiplerinde eğitim için kullanılır olmuştur da dahil olmak üzere hücre ağları oluşturmak için uygulanabilir.

Plazma Litografi Yüzey Desenlendirme Hücre Ağları Oluşturma

Bu protokol hücreleri izleyebilirsiniz özel tasarımlı electrotactic odalarında 2D ve 3D ortamlar oluşturmak için kullanılan yöntemler,...

2D ve 3D Ortamlarda Sinir Progenitör Hücreleri Elektrik Alanı kontrollü Yönetmen Göç

Bir çip üzerinde fotopolimerizasyon tekniği kullanılarak bir polimer mikro oluşumu açıklaması. Atomik kuvvet mikroskobu, temas açısı ölçümleri, X-ışını fotoelektron spektroskopisi ve uçuş ikincil iyon kütle spektrometresi ve hücre bağlanma testinin zaman kullanarak yüksek aktarım yüzey karakterizasyonu da açıklanmıştır.

Biyomalzemelerin Yüksek Verimli Discovery için Polimer Mikroarray&#39;ler

Biz burada onların tam replikatif ve / veya kronolojik ömrü boyunca tek tomurcuklanan maya hücreleri sürekli ve yüksek çözünürlüklü mikroskopik görüntüleme sağlayan bir mikroakışkan cihazın çalışmasını gösterir.

Replikatif sürekli yüksek çözünürlüklü Mikroskobik Gözlem geliştirici Maya Yaşlanma

Biyo-uyumlu pH duyarlı sol-jel nanosensors poli (laktik-ko-glikolik asit) (PLGA) electrospun iskeleleri katılabilecektir. Üretilen kendi-rapor iskeleleri iskelesi üzerinde hücrelerin kültürlenmesi iken microenvironmental durumların in situ izlenmesi için de kullanılabilir. 3D hücresel yapı deneyi bozmadan gerçek zamanlı olarak izlenebilir edildiğinden bu durum yararlıdır.

3-Boyutlu Hücre Kültürü için Self-raporlama iskeleleri

Fizyolojik Akış Koşullarında Sirkülasyon Hücre Kemokin-yönettiği Ekstravazasyon Eğitim Bir Roman Üç boyutlu Akış Odası Cihazı

The University of Texas at Dallas.  Bu protokol, yüzey tabanlı bir seçim sistemi kullanarak Saccharomyces cerevisiae'de viral proteazların yönlendirilmiş evrimi için optimize edilmiş bir iş akışı sağlar. DNA insert kütüphanesi ve substrat kaseti tasarımını, yüksek dönüşüm verimliliği için optimize edilmiş elektroporasyonu, proteaz parçalanması için floresansla aktifleşen hücre sıralama temelli seçimi ve zenginleştirilmiş varyantla...

Proteazların Yönlendirilmiş Evrimi için Optimize Edilmiş Maya Yüzeyi Ekran İş Akışı

Daha fazla video keşfet